להבדיל מגופים עסקיים, שבהם המשתמשים בדוחות הכספיים הם בעיקר משקיעים ונותני אשראי, הרי שתכלית הדוחות הכספיים של המלכ”ר היא לאפשר למשתמשים בדוחותיו הכספיים להעריך את השירותים שהמלכ”ר מספק, אם יוכל להמשיך לספק את השירותים הנ”ל לאור מצבו הכספי, וכן להעריך את האופן שבו מוסדות המלכ”ר ממלאים את חובת הנאמנות שלהם.
הסוגיה המרכזית בדיווח הכספי של מלכ”רים נובעת מהעובדה הבסיסית שבניגוד לגוף עסקי, במלכ”רים מרבית הנכסים מקורם בתרומות, ובמקרים רבים התורמים אף מגבילים את השימוש בנכסים למטרות ספציפיות. לפיכך, חלק מהאמצעים הכספיים נטו עומדים לרשות המלכ”ר לביצוע חלק מסוים בלבד ממטרותיו, ולא למטרות אחרות אשר גם הן במסגרת פעילויותיו. חשוב להדגיש כי הדבר אינו נובע ממחסור במשאבים, כי אם מייעוד מראש של האמצעים למטרות ספציפיות, ללא רשות להשתמש בהם למטרה אחרת, וזאת לאור מגבלות חוקיות, לרבות תקציב המדינה, חוזים או התניות מפורשות אחרות שקבע הגורם שהעביר למלכ”ר את אותם האמצעים.
סוגיה תיאורטית נוספת הנוגעת ליישום כללי חשבונאות במלכ”רים, דנה בהטבות הכלכליות אשר מייצגים נכסי המלכ”ר. שהרי, בניגוד לגוף עסקי, במלכ”ר במקרים רבים הנכסים משמשים את טובת הציבור, ללא זרימה ברורה של הטבות כלכליות. כך לדוגמה, הקמת מוזיאון לטובת הציבור ללא גביית תשלום בכניסה, לא מייצרת זרימה מובחנת של הטבות כלכליות למלכ”ר. הפתרון המושגי לסוגיה זו נעוץ בעובדה כי במלכ”רים, ההטבות הכלכליות העתידיות משמשות לאספקת מוצרים או שירותים נחוצים לנהנים, לתומכים ולאחרים, והדבר עשוי להיתרגם, באופן ישיר או עקיף, בזרימה פנימה של מזומנים למלכ”ר. יש לציין כי לעתים קרובות, גם בגופים עסקיים הקשר שבין ההטבות הכלכליות הצפויות מהנכס בעתיד לבין הזרימה פנימה של המזומנים, הינו עקיף.
פוטנציאל השירות של הנכס במלכ”רים יכול להיות אקוויוולנטי לזרימה פנימה של הטבות כלכליות, לצורך קיום הגדרת נכס. פוטנציאל השירות משקף את היכולת של הנכס, לבד או בשילוב עם נכסים אחרים, לסייע במישרין או בעקיפין לקידום מטרות המלכ”ר. לפיכך, התועלת הכלכלית של הנכס צריכה להיבחן מנקודת הראות של מטרות המלכ”ר (בשונה מתאגיד עסקי רגיל), שהרי מטרתו של המלכ”ר אינה להפיק רווחים או תועלת כלכלית. מטרותיו הינן לבצע מטלות שונות לטובת הציבור ולהגדיל את המקורות הכלכליים שברשותו, כדי שיתאפשר לו להמשיך ולבצע מטלות אלה בעתיד. יוצא אפוא כי היכולת לספק שירותים, בין בתמורה ובין שלא בתמורה, היא מטרה של המלכ”ר, ולפיכך העובדה שפריט מסוים משמש מטרה זו מאפשרת הכרה בו כנכס.