החשבונאות הפיננסית התפתחה במקורה עבור ישויות עסקיות ולא עבור גופים שאינם למטרות רווח. מסיבה זו למשל, המסגרת המושגית הבין־לאומית להכנת דוחות כספיים והצגתם (FRAMEWORK), מתבססת על תחזית לזרימה של הטבות כלכליות לצורך הגדרה והכרה בנכסים בדוח על המצב הכספי, ולאו דווקא בפוטנציאל השירות שלהם.
למלכ”רים, מעצם טיבם, מאפיינים השונים במידה ניכרת מהמאפיינים של גופים עסקיים. כך, הם מקבלים משאבים נכבדים ממקורות אשר אינם מצפים לקבל בתמורה הטבה (או החזר) פרופורציונלית, וכן עיקר המטרות התפעוליות שלהם אינן אספקת סחורות ושירותים לשם הפקת רווחים, אלא קידום מטרות שונות שאינן עסקיות. נוסף על כך, להבדיל מישות עסקית רגילה, במלכ”ר לא קיימות זכויות בעלות מוגדרות אשר ניתנות למכירה או המקנות זכות לקבלת השארית בעת פירוק המלכ”ר.
להבדיל מחברות עסקיות רגילות, שבהן משמשים הדוחות הכספיים בעיקר את המשקיעים המעוניינים במידע על רווחיותן, במלכ”רים חשובים דוחות כספיים נאותים בעיקר לשם פיקוח על אופן התנהלותם, והם משמשים בין היתר את התורמים, את נותני האשראי ואת הגופים המתקצבים, ובהם רשויות השלטון.
כחלק ממגמה עולמית, התחוללה גם בחשבונאות המלכ”רים בישראל מהפכה באמצע שנות ה-90 של המאה הקודמת. המהפכה כללה מעבר ליישום העקרונות הבסיסיים של החשבונאות המקובלת בחברות עסקיות רגילות, ובראשם בסיס הצבירה. השינוי הוא דרמטי, והוא שיפר ללא היכר את ההתנהלות, את דרך קבלת ההחלטות ואת השקיפות במלכ”רים, וחשוב מכול – את אחריות המנהלים.
עד תחילת שנות ה-90 של המאה הקודמת, לא הייתה תקינה חשבונאית מסודרת עבור מלכ”רים. כפועל יוצא, עקב אפיוני המלכ”ר השונים, הייתה נהוגה בפרקטיקה שיטת הקרנות (שיטת ההקבצה). בהתאם לגישה זו, הוצג הדוח על המצב הכספי של המלכ”ר במבנה שכבתי, כלומר במבנה של קבוצות נפרדות ומאוזנות של נכסים, התחייבויות ויתרות הקרנות, ובהתאם לכך הדוחות התוצאתיים. בהתאם לגישת ההקבצה, הוצג לכל קבוצת קרנות בנפרד “דוח על תוצאות הפעולות” שנעשו במסגרתה. באופן טבעי, דיווח על פי שיטת הקרנות הקשה על המשתמשים בדוחות הכספיים של מלכ”רים לראות את התמונה הכוללת. יתר על כן, לא הייתה אחידות בבסיס המדידה: חלק מהמלכ”רים דיווח על בסיס מזומן, ואילו חלק אחר דיווח על בסיס מזומן מתוקן (שעיקרו רישום הכנסות על בסיס מזומן והוצאות על בסיס מצטבר). כך לדוגמה, במקרים רבים רכישת רכוש קבוע נרשמה כהוצאה, ואילו נטילת הלוואה כהכנסה. לאור האמור, לא די כי פרקטיקת הדיווח בעבר הקשתה על המשתמשים לראות את התמונה הכוללת, היא אף לא שיקפה לפניהם את המצב הכלכלי האמיתי של המלכ”ר ואת תוצאות פעילויותיו, לרבות מצבת התחייבויותיו וגירעונו המצטבר. כמו כן, שיטת הקרנות לא אפשרה למשתמשים לערוך השוואות של מצבו הכספי של המלכ”ר ותוצאות פעולותיו בין תקופות שונות ובין מלכר”ים שונים.
המהפכה בנושא חשבונאות המלכ”רים התרחשה בארצות הברית בשנת 1993, עם פרסומם של שני תקנים חשבונאיים הנוגעים ספציפית למלכ”רים (116 FAS ו-117 FAS שאינם יחידות שלטון. תקנים אלו אשר אימצו את הגישה הכוללנית (Entity Wide), שלפיה למלכ”ר יהיה סט אחד של דוחות כספיים, חוללו מהפכה בדיווח הכספי של מלכ”רים. בהתאם לגישה הכוללנית, כל הנכסים, ההתחייבויות והנכסים נטו ייכללו בדוח על המצב הכספי, כמקובל בתאגיד עסקי רגיל, ואילו ההגבלות המוטלות על השימוש במקורות השונים שהתקבלו, או היעדר הגבלות, מקבלות ביטוי בהבחנות הנעשות במסגרת יתרת הנכסים נטו, המקבילה ליתרת ההון בתאגיד רגיל. כמו כן, בהתאם לגישה זו, כל השינויים בנכסים נטו שהוגבלו יוצגו בדוח על השינויים בנכסים נטו, המקביל לדוח על השינויים בהון בתאגיד רגיל, ואילו כל השינויים בנכסים נטו שלא קיימת לגביהם הגבלה (הכנסות, הוצאות וסכומים ששוחררו מהגבלות והועברו מהנכסים נטו שהוגבלו לפעילויות) יוצגו בדוח על הפעילויות, המקביל לדוח רווח או הפסד בתאגיד רגיל. נוסף על כך, בהתאם לגישה הכוללנית, סכומים שהתקבלו ואשר השימוש בהם הוגבל, מוצגים כגידול בנכסים נטו שהוגבלו. במועד שבו מוסרות ההגבלות הנ”ל, מוצגים הסכומים ששוחררו מההגבלות בדרך כלל כהכנסות בדוח על הפעילויות (העברות מנכסים נטו שהוגבלו עקב שחרור מהתניות תורמים). נוסף על המידע הניתן בגוף הדוח על המצב הכספי עצמו, מידע נוסף באשר להגבלות הקיימות יינתן בביאורים לדוחות הכספיים.
כאמור לעיל, לאור המאפיינים הייחודיים של המלכ”ר, מקובל להשתמש במונח “נכסים נטו” במלכ”רים במקום המונח “הון” המקובל בארגונים עסקיים. לעתים בפרקטיקה ההבחנה בין נכסים נטו לבין התחייבות עשויה להיות מעורפלת, שכן הגבלת השימוש בתרומה עשויה ליצור רושם של התחייבות (אף על פי שלרוב אין זה כך). יש לשים לב כי חובת הנאמנות של מלכ”ר לשימוש בנכסיו במטרה לספק שירותים לנהנים, אינה לכשעצמה יוצרת מחויבות להעברת נכסים או להספקת שירותים. כמו כן, ההגבלה של התורמים אינה משנה את המהות הבסיסית של המלכ”ר. למעשה, הגבלת השימוש בתרומה דומה במהותה לנכסים שהשימוש בהם יועד על ידי הנהלת המלכ”ר.
כמו כן, בהתאם לתקנים האמריקאיים דלעיל, בסיס המדידה המאומץ הוא בסיס מדידה מצטבר בהתאם לכללי חשבונאות מקובלים. אין עוררין כי מדידה על פי בסיס צבירה מספקת תיאור טוב יותר של ביצועי המלכ”ר לעומת מדידה על בסיס מזומן או בסיס מזומן מתוקן. בפרט, מדידה על בסיס צבירה נותנת ביטוי להשפעות הכספיות באותן תקופות שבהן התרחשו או נתקיימו פעולות, קרו אירועים או נתקיימו נסיבות, ולא בתקופות שבהן התבטאו כל אלה בתזרימי מזומנים.